Zeker, het gouvernement als geheel verleende steun, ook financiële, aan de Christelijke kerken, toch gingen deze hun eigen weg en op die
ChristendomCultuurstelselInheernsenKatholicisme (Ned.-Indië)Kerken in Ned.-IndiëOnderwijs (Nederlands-Indië)Poll, M. J. M. vanProtestanrisme (Ned.vlndië)Rooms-Katholieke Staatspartij (RKSP)Wils, J.ZendingZENDING EN MISSIEweg kwamen zij (de hervormden vooralonder invloed van een afgezant van het Nederlands Bijbelgenootschap, dr. H. Kraemer) wezenlijk verder dan het gouvernement. Want waar dat laatste tot het einde toe gedecideerd op het standpunt stond dat Nederlands leiding in Indië moest worden bestendigd, was in verscheidene kerken het besef gaan doorbreken dat het Christendom in Indië ten spoedigste de kerkelijke leiding moest overdragen aan inheemse Christenen. Alle protestanten konden in Indië tot één, door koning Willem I opgericht kerkgenootschap toetreden maar naast dat 'Nederlandse' kerkgenootschap bestonden er ten tijde van de Japanse bezetting al vijf geheel zelfstandige protestantse kerkgenootschappen van inheemsen: op de Molukken, in de Minahassa, in de Bataklanden op Sumatra, op het eiland Nias (zie kaart VI op pag. 62) en, tenslotte, bij de Dajaks op Borneo. Een deel van de heidense bevolking van de Minahassa was in de loop van de negentiende eeuw voor het protestantisme gewonnen door zendelingen uit Nederland, in de Bataklanden en op Nias hadden zendelingen van de Rheinische Missionsgesell schajt uit Barmen onder de heidenen gewerkt en op Borneo Zwitserse en Duitse zendelingen van de Evangelische Missionsgesellschajt uit Bazel.' Ook waren in '42 enkele Gereformeerde kerken van inheemsen en Chinezen reeds geheel zelfstandig - de overige Gereformeerde kerken (dat waren hoofdzakelijk kerken van Nederlanders en Indische. Nederlanders) vormden als Classis Batavia een aparte synode in het verband van de Gereformeerde kerken in Nederland.