Op twee punten nu werd dit concept nog in Linggadjati gewijzigd, zulks in overleg tussen de Indonesische delegatie en de CommissieGeneraal. Ten eerste was in artikel 1 gezegd dat de door de Geallieerde of Nederlandse troepen op Java en Sumatra bezette gebieden 'geleidelijk'
in het Republikeinse gebied zouden worden ingevoegd, maar bij nader inzien vonden Soekarno en Hatta dat te vrijblijvend. Op hun aandrang werd ingevoegd: 'Hiertoe zal aanstonds een aanvang worden gemaakt met de nodige maatregelen.'
Ten tweede meenden Soekarno en Hatta dat de arbitrage over geschillen die naar aanleiding van de overeenkomst zouden kunnen rijzen, geregeld moest worden; derhalve werd aan de op 13 november naar Den Haag doorgeseinde 16 artikelen nog een artikel 17 toegevoegd waarin stond dat de delegaties van Nederland en van de Republiek bij geschillen overeenstemming moesten zien te bereiken en lukte hun dat niet, dan zou aan hen een èf door hen samen gekozen èf door de president van het Permanente Hof van Internationale Justitie benoemde voorzitter van andere nationaliteit worden toegevoegd die bij voortgezet meningsverschil een beslissende stem zou uitbrengen.