Nog in '44 was komen vast te dat de rechtspleging in Indië in eerste instantie zaak zou zijn van het militair gezag: er zouden door de Nica uit drie officieren bestaande Temporaire Krijgsraden worden ingesteld, bedoeld om op te treden wanneer zich bij het herstel van het Nederlandse gezag ernstige ongeregeldheden zouden voordoen. Ter voorbereiding nu van de berechting der Japanners werd op II september '45 in Brisbane door van Mook een besluit ondertekend waarmee een Bureau tot nasporing van oorlogsmisdrijven werd opgericht. Dat bureau bleef voorlopig slechts op papier bestaan: het naar Batavia teruggekeerde gouvernement werd daar door zoveel urgente problemen besprongen dat het aan de berechting van Japanners vooreerst geen aandacht kon besteden. Het enige dat in die periode geschiedde, was dat in de door de Britten bezette gebieden, hier en daar ook op eilanden waar zich Knil-compagnieën bevonden, de onder Mountbattens hoofdkwartier ressorterende War Crimes Investigation Teams processen-verbaal gingen opmaken. Dit werk werd wat Indië betrof, gecoördineerd door een aan dat hoofdkwartier toegevoegde Nederlandse sectie en met die sectie ging het zojuist genoemde Bureau samenwerken dat in april '46 in Batavia begon te functioneren - de procureur-generaal bij het Hooggerechtshof van Nederlands-Indië werd er de directeur van.