Aan Jamamoto was ten laste gelegd dat hij als 'hoofd van het burgerlijk bestuur'
belast was met het oppertoezicht over de gevangenissen op Java, waar mensonwaardige toestanden hadden geheerst en velen te gronde waren gegaan. Eis: de doodstraf. Diezelfde straf was geƫist tegen een Japanse hoofdambtenaar die op Java directeur van het departement van justitie was geweest en tegen een tweede hoofdambtenaar die ten departemente hoofd was geweest van de afdeling gevangeniswezen. Die laatste twee, van wie ter terechtzitting gebleken was dat zij in beperkte mate weet hadden gehad van wat onder hun formele verantwoordelijkheid was gebeurd, waren tot vijf, respectievelijk vijftien jaar gevangenisstraf veroordeeld en Jamamoto die, in tegenstelling tot wat de auditeurmilitair had gesteld, nimmer 'hoofd van het burgerlijk bestuur'
was geweest (die functie was door de bevelhebber van het Zestiende Leger uitgeoefend), was vrijgesproken.