Door Kuypers eigenmachtig optreden was in oktober' 40 de brief die het Convent der Kerken in verband met de eerste anti-Joodse maatregelen tot de Reichsleommissar gericht had, niet tijdig toegezonden aan de gereformeerde predikanten. Het herderlijk schrijven was dus het eerste, duidelijk tegen de bezetter gerichte stuk dat in de gereformeerde diensten voorgelezen werd. Het maakte, toen dit op zondag 23 maart' 41 alom in den lande geschiedde, diepe indruk. De voorbede voor de koningin werd er overigens niet in gememoreerd - aannemelijk is evenwel, dat die voorbede in '40 en '
41 in talrijke gereformeerde diensten normaal weerklonk. Op dit punt kwam het evenwel in de herfst van '41 tot een conflict met de Sicherheitspolizei.