Een jaar later, in 1909, werd aan Boedi Oetomo door het gouvernement rechtspersoonlijkheid verleend. In de vereniging, die toen ca.tienduizend leden telde, was zich inmiddels een belangrijke ontwikkeling gaan aftekenen: de leerlingen van de dokter Djawa-school, de Osvia's en de kweekscholen die allen nog midden in hun opleiding zaten, verloren aan invloed en de inheemse gezagdragers uit Djokjakarta die de aloude Javaanse cultuur wilden handhaven en afkerig waren van het uiten van vèrgaande, laat staan extreme wensen, gingen de toon aangeven. In september '09 liepen Tjipto en een andere radicaal denkende uit het bestuur weg - er werden in hun plaats twee regenten gekozen.